El CONCYT, está integrado por nueve miembros, de la manera siguiente:

Sector Público:

El Vicepresidente de la República.
El Ministro de Economía.
El Presidente de la Comisión de Ciencia y Tecnología del Congreso de la República.

Sector Privado:

El Presidente de la Cámara de Industria.
El Presidente de la Cámara del Agro.
El Presidente de la Cámara Empresarial.

Sector Académico:

El Rector de la Universidad de San Carlos de Guatemala.
Un Rector en representación de las Universidades Privadas.
El Presidente de la Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de Guatemala.

El CONCYT, será presidido por el Señor Vicepresidente de la República, en su ausencia presidirá el Ministro de Economía.
El CONCYT, cuenta con una Comisión Consultiva, como órgano asesor de alto nivel, integrado por nueve miembros; cada Institución que tiene representación en el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología debe nombrar un Titular y un Suplente
El CONCYT puede gestionar a través de la Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología SENACYT,  ante cualquier entidad nacional e internacional, toda clase de cooperación financiera y técnica para la realización de sus actividades, proyectos y programas, a ser ejecutados por las instituciones integrantes del Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología, -SINCYT- y para el fortalecimiento del Fondo Nacional de Ciencia y Tecnología -FONACYT-.